Arrêt maladie et impact sur la paie : ce qu’il faut savoir

18 février 2026

Pour l’organisation d’une entreprise, un arrêt maladie peut rapidement devenir un casse-tête. Entre obligations légales, calculs de salaire et risques d’erreur sur les bulletins de paie, les conséquences pour l’entreprise et le salarié sont réelles. Comprendre l’impact des arrêts maladie sur la paie est donc indispensable pour sécuriser votre gestion RH et éviter des coûts inutiles ou des litiges.

Cet article vous guide pas à pas, avec des conseils pratiques pour anticiper et gérer ces situations efficacement.

Qu’est-ce qu’un arrêt maladie et quelles sont les obligations de l’employeur ?

Un arrêt maladie est délivré par un médecin lorsqu’un salarié ne peut pas exercer son activité pour raison de santé. Pour l’employeur, cela entraîne plusieurs obligations :

  1. Maintien du salaire selon les dispositions légales et conventionnelles.
  2. Transmission des informations à la caisse de sécurité sociale pour le versement des indemnités journalières.
  3. Conservation des justificatifs pour un suivi RH et une traçabilité des absences.

L’erreur la plus fréquente : ne pas vérifier la durée ou le type d’arrêt, ce qui peut provoquer un sous-paiement ou un trop-perçu sur le bulletin de paie.

Comment un arrêt maladie impacte la paie

1. Les indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS)

Lorsqu’un salarié est en arrêt maladie, la Sécurité sociale peut compenser une partie de son salaire via les IJSS. Pour que le salarié perçoive ces indemnités :

  • L’arrêt doit être transmis rapidement à la CPAM et à l’employeur.
  • L’employeur doit transmettre une attestation de salaire conforme via DSN à la CPAM.

2. Le maintien de salaire par l’employeur

Selon le Code du travail et votre convention collective, vous devez maintenir une partie ou la totalité du salaire du salarié malade. Les règles clés :

  • Durée minimale de maintien selon l’ancienneté.
  • Déduction du maintien de salaire des indemnités journalières perçues par le salarié.

Astuce employeur : utiliser un tableau de suivi par salarié permet d’éviter les erreurs de calcul.

3. Les incidences sur les cotisations sociales

Même en arrêt maladie, les cotisations sociales continuent d’être calculées sur le salaire maintenu. Cela peut générer :

  • Des cotisations patronales plus élevées.
  • Une variation des charges pour l’entreprise.

Il est donc essentiel de prévoir ces impacts lors de l’établissement du bulletin de paie.

Les erreurs fréquentes à éviter

  1. Oublier la subrogation : certains employeurs versent directement les indemnités journalières par le biais du bulletin de salaire.
  2. Ne pas appliquer correctement le maintien de salaire : chaque convention collective a ses propres règles, et une erreur peut engager votre responsabilité.
  3. Bien vérifier l’acquisition de congés payés suite à la nouvelle loi DDADUE

Comment sécuriser la paie en cas d’arrêt maladie

Avant d’entrer dans le détail des indemnités, du maintien de salaire et des cotisations, il est important de comprendre que sécuriser la paie ne se limite pas à appliquer mécaniquement les règles. Il s’agit de mettre en place une organisation claire, de connaître vos obligations légales et conventionnelles, et de prévoir les interactions entre les différents acteurs : salarié, employeur et Sécurité sociale. Une gestion proactive permet non seulement d’éviter les erreurs, mais aussi de gagner du temps et de préserver la confiance de vos collaborateurs.

1. Mettre en place un process clair

  • Centraliser tous les arrêts maladie reçus.
  • Vérifier la durée et le type d’arrêt.
  • Comprendre les calculs IJSS et le maintien de salaire.

2. Automatiser les calculs si possible

Les logiciels de paie modernes peuvent :

  • Calculer automatiquement le maintien de salaire et les IJSS à déduire.
  • Prévoir l’automatisation de la subrogation si l’entreprise l’a pratique.

3. Faire auditer vos paies

Un audit régulier par un expert permet de :

  • Identifier les erreurs récurrentes.
  • Évaluer l’impact financier des arrêts maladie.
  • Optimiser vos pratiques pour gagner du temps et sécuriser la relation avec vos salariés.

Gérer les arrêts maladie ne se résume pas à « payer moins ou plus ». Il s’agit de comprendre l’impact sur la paie et d’anticiper chaque étape pour sécuriser vos salariés et votre entreprise. Une bonne organisation permet d’éviter les erreurs coûteuses et de simplifier la gestion quotidienne des RH.

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